Iga esmast lipoproteiini iseloomustab indiviidi, ainulaadse loomuliku valgu (apolipoproteiini) olemasolu oma koostises. Apolipoproteiinid tähistatakse ladina tähtedega, millest mõned on valkude perekonnad ja tähistatud ka numbritega (näiteks apo-A1, apo-A2 jne).