Uuring: geenid mõjutavad puuviljade ja kiudainete vähivastast toimet

Hiljuti ajakirjas eBioMedicine avaldatud uuringus tuvastati geneetilised variatsioonid, mis võivad muuta seost kiudainete, puu- ja köögiviljade tarbimise ning kolorektaalvähi (CRC) riski vahel. Teadlastel õnnestus tuvastada kaks olulist lookust, mis muudavad seost kiudainete ja puuviljade tarbimise ning CRC riski vahel.

KRV on üks levinumaid vähke maailmas, 2020. aastal esines ligi kaks miljonit uut juhtu ja üle 900 000 surmajuhtumi. On teatatud, et suur puu- ja köögiviljade, täisteratoodete ja toidukiudainete tarbimine vähendab KRV riski. Kuigi on olemas tugevad tõendid seose kohta KRV riski ning täisteratoodete ja toidukiudainete tarbimise vahel, on tõendid KRV riski ja puu- ja köögiviljade tarbimise seose kohta piiratud.

Varasemad genoomiülesed assotsiatsiooniuuringud (GWAS) on tuvastanud vähemalt 200 kolorektaalse kartsinoomi riskiga seotud lookust, mis selgitavad kuni 35% pärilikkusest. Kuigi geeni ja keskkonna (G × E) interaktsioonid võivad selgitada täiendavat pärilikkust, on varasemad väikeste valimite ja traditsiooniliste meetoditega uuringud leidnud vaid piiratud arvu olulisi interaktsioone. Uued statistilised lähenemisviisid, nagu näiteks konjointtestid ja kaheastmelised meetodid, mis seavad esikohale ühe nukleotiidi polümorfismid (SNP-d), võivad parandada nende analüüside täpsust.

Analüüsi kaasati kuni 45 uuringut kolmest kolorektaalse kartsinoomi geneetilisest konsortsiumist, sealhulgas Euroopa päritolu isikud. Uuringud hõlmasid kohortuuringute puhul juhtumikontrolli komplekte ja juhtumikontrolli uuringute puhul vähivabu kontrollrühmi. Kokku analüüsiti vastavalt 69 599, 69 734 ja 44 890 osaleja puu-, köögivilja- ja kiudainete tarbimist. Toitumist hinnati toidu sageduse küsimustike ja toitumisajaloo abil, mida tavaliselt väljendati portsjonitena päevas puu- ja köögiviljade puhul ning grammides päevas kiudainete koguarvu osas.

Andmed ühtlustati ja väljendati kvartiilväärtustena soo ja uuringu kaupa. Lisaks hõlmas genotüübi kvaliteedikontroll puuduvate andmete, Hardy-Weinbergi tasakaalu ja soolise mittevastavuse kontrollimist, millele järgnes imputeerimine ja filtreerimine väiksemate alleelide sageduse ja täpsuse osas, mille tulemusel analüüsiti 7 250 911 SNP-d.

Võrreldes kontrollrühmaga olid kolorektaalse kartsinoomiga (CRC) osalejad vanemad, neil oli kõrgem kehamassiindeks ja energiatarbimine ning suurem riskitegurite, näiteks CRC ja II tüüpi diabeedi perekonnaanamnees, esinemissagedus. Samuti tarbisid nad kontrollrühmaga võrreldes vähem kiudaineid, puu- ja köögivilju. Metaanalüüsid leidsid pöördvõrdelise seose kiudainete (suhteline risk kvartiili kohta (OR) = 0,79), puuviljade (OR = 0,79) ja köögiviljade (OR = 0,82) tarbimise ja CRC riski vahel.

3-DF test tuvastas rs4730274 lookuse SLC26A3 geenist ülesvoolu, mis näitab seost kiudainete tarbimisega ja interaktsiooni CRC riskiga. Genotüübi järgi stratifitseerimine näitas iga T-alleeli koopia puhul tugevamat pöördvõrdelist seost kiudainete ja CRC vahel. Funktsionaalne annotatsioon viitas võimendaja aktiivsusele jämesoolekoedes, koos eQTL-iga DLD geeni jaoks.

NEGR1 geeni lähedal asuv lookus rs1620977 näitas olulist seost puuviljade tarbimisega ja mõõdukat interaktsiooni kolorektaalse kartsinoomi (CRC) riskiga. Iga G-alleeli koopia puhul täheldati suurenenud puuviljade tarbimise korral tugevaid pöördvõrdelisi seoseid.

See uuring on seni suurim G×E uuring, milles teadlased tuvastasid kaks koostoimet kiudainete, puuviljade tarbimise ja kolorektaalse vähi riski vahel. Täpsemalt viitab rs4730274 SLC26A3 geeni lähedal olulisele seosele kiudainete tarbimise, soolestiku talitluse, põletiku ja kolorektaalse vähi vahel. Tulemused nõuavad täiendavaid uuringuid, et uurida kliinilist tähendust ja kinnitada neid leide erinevates populatsioonides.