Funktsionaalne MRI põhineb suurenenud verevoolul ajus, reageerides korteksi neuronaalse aktiivsuse suurenemisele vastava stiimuli toimel. Ajutegevuse kaardistamine võimaldab meil kindlaks teha neuronaalse aktiveerimise valdkonnad, mis tekivad stimuleerimisel (motoorsed, sensoorsed ja muud stiimulid).