Analüüs näitab uusi tõendeid A-rühma streptokokkide ülemaailmse leviku kohta.

A-rühma streptokokk (Strep A) on levinud bakteritüüp, mis tavaliselt põhjustab kurguinfektsioone ja sarlakite palavikku. Kuigi enamik infektsioone on kerged, võib Strep A harvadel juhtudel põhjustada invasiivseid infektsioone, mis võivad lõppeda surmaga.

Aastatel 2022–2023 registreeriti tervishoiuteenustes üle maailma raskete invasiivsete A-tüüpi streptokokkinfektsioonide sagenemine pärast pandeemiapiirangute tühistamist. Londoni Imperial College'i ja Public Health Englandi teadlaste uus uuring kinnitas, et bakteri variant nimega M1UK mängis selles sagenemises võtmerolli.

M1 tüved on teadaolevalt invasiivsemate infektsioonide põhjustajad kui teised A-streptokoki tüübid. Kuigi variant tuvastati ja sekveneeriti esmakordselt Ühendkuningriigis, on M1UK hiljuti seostatud raskete infektsioonide sagenemisega Euroopas, Austraalias, Põhja-Ameerikas ja Jaapanis pärast pandeemiapiirangute leevendamist. Seda on avastatud ka Lõuna-Ameerikas, Uus-Meremaal ja Taiwanis.

Strep A-tüüpi infektsioonide madal tase pandeemia ajal muutis elanikkonna, eriti lapsed, nende infektsioonide suhtes tõenäoliselt haavatavaks, aidates kaasa juhtumite arvu suurenemisele paljudes riikides.

Ajakirjas Nature Communications avaldatud uues M1UK geneetika uuringus esitavad teadlased uusi andmeid selle kohta, millal variant esmakordselt tekkis ja kuidas see võrdub teiste tüvedega.

M1UK ja vahepealsete populatsioonide globaalne levik ja potentsiaalsed sissetoomissündmused. A 2364 M1UK ja vahepealse tüve fülogeneetiline puu, mis koguti üle maailma märtsist 2005 kuni juulini 2023. B PastML-iga genereeritud lihtsustatud ülekandepuu, mis näitab M1UK liinide ja vahepealsete populatsioonide esivanemate epideemilise päritolu asukohta. C M1UK hinnanguline efektiivne populatsiooni suurus (Ne) Ühendkuningriigis aja jooksul. Nature Communications (2024). DOI: 10.1038/s41467-024-47929-7

Patsientide proovide geneetilise sekveneerimise ja arvutimodelleerimise abil leidsid nad, et M1UK tekkis tõenäoliselt umbes 2008. aastal ja hakkas alates 2010. aastast järk-järgult suurenema.

Võrreldes varasemate M1 tüvedega, mis on viimase 40 aasta jooksul jäänud suhteliselt muutumatuks, toodab M1UK rohkem sarlakite tekitavaid toksiine.

Professor Shiranee Sriskandan Londoni Imperial College'i nakkushaiguste osakonnast, kes juhtis uuringut koos UKHSA kolleegidega, ütles: „Bakterid arenevad aja jooksul ja kuna A-streptokokk on rangelt inimese patogeen, omandab see populatsioonis levides geneetilisi muutusi. Enamik variante tuleb ja läheb aja jooksul, kuid M1UK näib nüüd olevat Ühendkuningriigis ja teistes riikides hästi sisse seatud. Kas see jääb nii ka pikas perspektiivis, pole teada.“

Geneetiline ajalugu

Kasutades otsingut ülemaailmsetes genoomiandmebaasides, näitas meeskond, et kui M1UK esmakordselt Ühendkuningriigis 2019. aastal tuvastati, suudeti väljaspool Ühendkuningriiki genoomsetest järjestustest tuvastada vaid kaks M1UK tüve. Kuid hilisem analüüs teistest riikidest, milles uuriti A-streptokoki infektsioonide (sealhulgas invasiivsete infektsioonide) muutuvaid suundumusi, näitab, et M1UK esineb nüüdseks enam kui kümnes riigis üle maailma ja on mõnel juhul pärast pandeemiat muutunud domineerivaks tüveks.

Analüüs toob esile ka pudelikaela efekti, kus A-tüüpi streptokokk-infektsioonid vähenesid COVID-19 pandeemia ajal, mis langes kokku laialdaste sotsiaalse distantseerumise meetmete ja sulgemistega. Pärast seda perioodi levis M1UK aga Ühendkuningriigis kiiresti, kusjuures 2022. aastal suurenes märkimisväärselt sarlakite ja invasiivsete A-tüüpi streptokokk-infektsioonide arv.

Teadlaste sõnul võis küll A-streptokoki vähenenud levik pandeemia ajal viia populatsiooni immuunsuse nõrgenemiseni, kuid nende töö toob esile M1UK geneetilised tunnused, mis viitavad ellujäämise eelisele teiste tüvede ees, võimaldades sellel kergemini levida ja potentsiaalselt põhjustada raskemat haigust. On võimalik, et suurenenud populatsiooni immuunsus M1UK tüve suhtes võib võimaldada teist tüüpi tüvede teket.

Professor Sriskandan, kes on ka Bakteriaalse Resistentsi Bioloogia Keskuse kliiniline direktor, lisas: „Kuigi me teame nüüd, et M1UK variant põhjustas eelmisel talvel toimunud juhtumite märkimisväärse suurenemise, toimus see ebatavalisel aastaajal, langedes kokku hingamisteede viiruste ja talvise stressiga, mis kõik mõjutasid haiguse raskusastet. Lõppkokkuvõttes on need hüpped, mida me eri aegadel üle maailma näeme, tõenäoliselt tingitud vähenenud immuunsusest teatud hingamisteede patogeenide, eriti A-streptokoki suhtes. Vaktsiinid võiksid seda ennetada ja me vajame tõesti A-streptokoki vastast vaktsiini. Meie uuringu uusimad tulemused on võimalikuks saanud tänu tihedale koostööle Imperial College'i nakkushaiguste uurijate ja Ühendkuningriigi tervisekaitseagentuuri maailma juhtiva molekulaarse seiresüsteemi vahel.“