Inimese papilloomiviirus on tõsine oht. Diagnoosimine on vajalik nakkuse pinge kindlakstegemiseks ja selle onkogeensuse ohuks. Selline teave võimaldab teha kõige sobivama ja efektiivse raviskeemi.
Klamüüdia diagnoosimine PCR-iga on praegu kõige tundlikum ja spetsiifiline meetod kõigis laborites kasutatavates meetodites. Meetodi tundlikkus on 95-97% ja spetsiifilisus 95-98%.
Mükoplasmid on klassifitseeritud tinglikult patogeenseteks mikroorganismideks. Nad püsivad ja paratuvad epiteelirakkude membraanides ja võivad olla lokaliseeritud nii ekstra- kui ka intratsellulaarselt.
PCR võimaldab otseselt kindlaks teha gonokokkide DNA olemasolu ja väljendada nende kontsentratsiooni kvantitatiivselt katsematerjalides. Uuritud materjal võib olla röga, loputusvesi, uriin, punctati erinevatest elunditest ja tsüstidest jne.
PCRi diagnostiline tundlikkus Helicobacter pylori avastamiseks mao limaskesta biopsiaproovides on 88-95,4%, spetsiifilisus on 100%; koprofiltraatides vastavalt 61,4-93,7% ja 100%.
Erinevalt seroloogiliste diagnostikameetodite tuberkuloosiinfektsiooni et antikehade avastamiseks Mycobacterium tuberculosis, PCR suudab tuvastada Mycobacterium tuberculosis DNA otseselt kui ka kvantitatiivselt väljendada nende kontsentratsioon materjalis.
Inimese papilloomiviiruse (HPV) viirused on väikesed DNA-d sisaldavad onkogeensed viirused, mis nakatavad epiteelirakud ja põhjustasid proliferatiivseid kahjustusi.
Hiljuti diagnoosimiseks HSV infektsiooni lehe DNA identifitseerimiseks HSV 1 ja 2 materjalis vesiikulite ja haavandid nahale või limaskestadele (sidekesta sh silmade) PCR (väga tundlik, konkreetne ja kiirdiagnostika meetod).
HIV RNA otsene kvantitatiivne määramine PCRiga võimaldab HIV-nakkusega inimestel täpsemalt prognoosida HIV-nakkusega patsientide haigusseisundi määra täpsemalt ja seega hinnata nende elulemust täpsemalt. Viiruse osakeste suur sisaldus korreleerub tavaliselt immuunseisundi ja CD4 + rakkude madala sisalduse halvenemisega.