Hepatiit C viirusel on 6 genotüüpi ja 11 peamist alatüüpi. Genotüüp 1, eriti 1b, põhjustab haiguse raskemat liikumist ja on ravile kõige vastupidavam. Sel juhul registreeritakse tavaliselt kõrgem vireemia tase. HCV tüvede geneetilise heterogeensuse alusel tehti ettepanek, et C-hepatiidi viiruse genotüpide erinevus esines umbes 300 aastat tagasi.