HCV genoomi esindab üheahelaline positiivselt laetud RNA, mis kodeerib 3 struktuurivalku (nukleokapsiidi valgu tuum ja ümbrise E1-E2 nukleoproteiinid) ja 5 struktuurivalku (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). Iga valgu jaoks sünteesitakse AT-d, mida leidub viirushepatiit C-ga patsientide veres.