HCV genoom sisaldab positiivselt laetud üheahelaline RNA, mis kodeerib 3 struktuursete (nukleokapsiidi tuumavalgu ja nukleoproteiinid E1-E2 ümbrikus) ja 5 struktuursete (NS 1, NS2, NS3, NS4, NS5) valke. Igaüks neist valkude süntees leitud antikehade patsientide veres C-hepatiidiga