Menstruaaltsükkel peegeldab hüpotalamuse-hüpofüüsi-munasarjade süsteemi aktiivsust, mis avaldub struktuurilistes ja funktsionaalsetes muutustes reproduktiivtraktis: emakas, munajuhades, endomeetriumis ja tupes. Iga tsükkel lõpeb menstruaalverejooksuga, mille esimest päeva peetakse tsükli alguseks.