Vastaste antikehade määramine kilpnäärme mikrosomaalset fraktsiooni kasutatakse diagnoosimiseks autoimmuunne hüpotüreoosile türeoidiit, kus antikehade tase veres suureneb. Kilpnäärme mikrosoomide antikehad moodustavad rakupinnal immuunkomplekse, aktiveerivad komplemendi ja tsütotoksilisi lümfotsüüte, mis põhjustab rakkude hävitamist ja põletikulise protsessi moodustumist kilpnääre.