Kilpnäärme mikrosomaalse fraktsiooni antikehade määramist kasutatakse autoimmuunse türeoidiidi ja hüpotüreoidismi diagnoosimiseks, mille korral antikehade tase veres suureneb. Kilpnäärme mikrosoomide vastased antikehad moodustavad rakkude pinnal immuunkomplekse, aktiveerivad komplementi ja tsütotoksilisi lümfotsüüte, mis viib rakkude hävimiseni ja põletikulise protsessi tekkeni kilpnäärmes.