Spetsiifilise viirusliku entsefaliidi tekitaja on Flaviviiruste perekond. Virion on sfääriline, läbimõõt 40-50 nm, sisaldab RNA-d, mis paljude koekultuuride korral hästi paljuneb. Laboratoorsetelt loomadelt on viiruse suhtes kõige enam vastuvõtlikud valged hiired, hamstrid, ahvid ja puuvillased rotid. Spetsiifilise entsefaliidi viiruse ja paljude koduloomade vastuvõtlikkus.