Alloimmuunne või isoimmuunne vastsündinute neutropeenia esineb lootel, kuna loote ja ema neutrofiilide antigeenne kokkusobimatus. Ema isoantikehad kuuluvad IgG klassi, nad tungivad läbi platsentaarbarjääri ja hävitavad lapse neutrofiilid. Isoantikehad on tavaliselt leukoagglutiniinid, nad reageerivad patsiendi ja tema isa rakkudega, ei reageeri ema rakkudega.